本发明涉及鱼粉废水加工利用领域，特别是指一种用于鱼粉废水生产液体有机肥料的复合菌剂及应用。其复合菌剂包括EM菌和绿僵菌，按照细菌个数计，所述EM菌和绿僵菌的比例为2 6 : 2 6。本发明提供了鱼粉废水生产液体有机肥料的方法。利用上述两种不同性质的有益微生物组合处理鱼粉废水生产液体有机肥料，解决了鱼粉废水对环境的污染，有益微生物的在处理过程中也得到了活化，既可以改善植物营养状况，促进植物生长，又可以充分发挥有益微生物抑制植物害虫的功能，并且可以有效提高果实含糖量。利用本发明所述的方法处理鱼粉废水，鱼粉废水利用率大大提高，成本低廉，极易操作。