本发明公开了一种检测芒果露水斑病菌的方法，包括对被检样品进行预处理，提取被检样品的DNA；采用ITS1/ITS4做外侧引物，ML SF9和ML SR5做内侧及ML SF10和ML SR10做内侧引物进行巢式PCR反应；电泳检测，判断结果。本发明的检测芒果露水斑病菌的方法克服了常规PCR检测方法的不足，具有高灵敏度、高特异性、反应稳定的优点，检测下限至少可达到3.55×10 10ng/μl，易操作，用时短，只需4 6h。