本发明公开了一种小分子抗血管硬化芒果果胶的制备方法，包括以下步骤：一、将鲜芒果皮浸泡在30～100℃的磷酸氢二钠?磷酸二氢钠缓冲溶液中5～100min后，烘干至含水率小于10％；二、将烘干后的鲜芒果皮粉碎至50～500目后，与双蒸水按体积比为1 : 10～10 : 1进行混合，并调节pH值至1.0～10.0后，进行亚临界萃取，之后趁热过滤，得到滤液；三、将滤液冷却至30～55℃，并调节pH值至1.0～10.0后，加入一定量的果胶甲酯酶和脱乙酰基酶，酶解5～1200min后，得到酶解液，之后将酶解液进行灭酶处理；四，将灭酶处理后的酶解液进行超滤，未透过超滤膜的大分子量部分重复步骤一至步骤四，透过超滤膜的小分子量部分经冷冻干燥。本发明具有生产效率高、产品质量稳定等优点。