本实用新型公开了一种海上搜救无人船控制系统，包括监控子系统、控制子系统、无线通信模块，所述控制子系统包括微控制器MCU、调试模块、电源管理模块、电机控制模块、GPS接口模块、姿态接口模块，所述微控制器MCU分别与所述调试模块、电源管理模块、电机控制模块、GPS接口模块、姿态接口模块、无线通信模块相连接，所述监控子系统与所述控制子系统之间通过所述无线通信模块连接，所述电机控制模块包括操舵控制系统、油门档位控制系统，所述操舵控制系统包括电罗经，所述油门档位控制系统包括步进电机、发动机、控制线，所述步进电机通过所述控制线与所述发动机相连接。本实用新型提高了无人船远程操控的安全性与智能性。