本发明公开了一种利用拉曼光谱原位无损检测菊基腐病菌的方法，具体步骤为：1)待测病菌样品制备；2)病菌拉曼光谱检测；3)病菌拉曼光谱分析；4)原位检测样品前处理；5)原位检测样品制备；6)病菌拉曼光谱原位检测。本发明所建立的一种利用拉曼光谱原位无损检测菊基腐病菌的方法。该方法原位取样，原位检测，对单个病菌细胞检测，灵敏度高，对样品无损伤；不需要病菌分离纯化步骤、不需要病菌富集培养，检测速度快，40?min内即可完成；可满足快速检测鉴定的要求。