本发明公开了一种基于砗磲线粒体16S基因扩增引物及其应用，基于Genbank数据库中的砗磲16S序列，设计出通用正向引物F，并针对不同砗磲Tri_ squ_ YZ_ R(鳞砗磲)、Tri_ max_ YZ_ R(长砗磲)、Tri_ gig_ YZ_ R(库氏砗磲)、Tri_ cro_ YZ_ R(番红砗磲)和Hip_ hip_ YZ_ R(砗蚝)设计特异性的反向引物，在50μL体系下进行PCR，最后可通过琼脂糖凝胶电泳的条带鉴别砗磲的种类。采用本发明的砗磲线粒体16S基因扩增引物，可以迅速，准确的鉴别出砗磲物种。