本发明公开了一种胡椒脱皮过程中关键微生物功能基因组的检测方法，所述胡椒脱皮过程中关键微生物功能基因组的检测方法从微生态系统的角度，以脱皮过程中胡椒表皮微生物为对象；通过提取胡椒表皮细菌的宏基因组DNA并纯化，扩增可变区序列后，应用高通量测序技术完成表皮细菌可变区序列的读取，利用生物信息学平台对序列进行质控并完成物种注释和功能预测，再次基础上借助统计学方法全面客观揭示胡椒脱皮过程中鲜果表皮起关键作用的微生物物种及其核心代谢途径。本发明简化了实验操作，提高了测序效率，从而极大地促进了宏基因组学的发展。