本发明属于鱼类养殖技术领域，公开了一种枯草芽孢杆菌HAINUP40及其应用，在NCBI上序列号为KY244143.1。具有很强的胞外蛋白酶和胞外淀粉酶活性，且耐酸耐胆盐，对罗非鱼源致病性无乳链球菌、海豚链球菌、鳗弧菌、创伤弧菌、珊瑚肠弧菌、溶藻弧菌，黑海弧菌等病原菌具有明显的拮抗作用；拌饲料投喂罗非鱼，促进罗非鱼的生长，提高肠道淀粉酶和蛋白酶活性，降低饵料系数，预防罗非鱼无乳链球菌疾病；对亚硝酸盐在12h降解率达到94.12％，优于目前国内外所报道的枯草芽孢杆菌的亚硝酸盐去除率，氨氮去除率4d内可以达到57.58％，COD在72h内去除率达到72.13％。