本发明提出了一种火龙果果皮总黄酮的提取方法，本方法首先通过冷冻干燥进行原料预处理，使用蒸馏水代替有机溶剂，采用亚临界水法提取火龙果总黄酮，最后经过提纯得到高纯度的总黄酮。本发明获得的火龙果果皮总黄酮提取率和纯度均较高。本发明方法具有工艺简单，操作简单，不使用任何化学试剂，反应时间短，能耗少等优点。