本发明涉及植物加工技术领域，公开了一种微波干燥蓝药睡莲花的方法。本发明所述方法将新鲜蓝药睡莲花在常压和4kw～6kw微波功率下连续干燥6～10min，使蓝药睡莲花含水率降至50％～70％；然后在常压和1kw～2kw微波功率下，进行间歇式微波干燥，每干燥1～5min停0.5～2min，直至干燥至蓝药睡莲花降至安全含水率。本发明在适宜的微波功率下，以前期连续微波干燥方式和后期间歇微波干燥方式完成对蓝药睡莲花的干燥，所获得的干燥成品不仅在色泽上能更好的保持原花的颜色，而且外观较好，花形完整，花瓣不易脱落，活性成分含量较高。