本发明涉及一种诺丽内生真菌的分离鉴定方法，属于微生物分离鉴定技术领域。本发明提供的诺丽内生真菌的分离鉴定方法包括以下步骤：1)对诺丽果和叶进行表面消毒；2)将诺丽果和叶的内部组织置于马铃薯葡萄糖琼脂培养基上25±1℃黑暗条件下培养8～10天；3)将步骤2)培养得到的菌株进行传代培养，通过4～5次连续的菌丝尖端转移进行纯化，得到诺丽内生真菌；4)对步骤3)得到的诺丽内生真菌进行ITS测序鉴定。本发明提供的方法能够实现诺丽内生真菌的有效分离和鉴定，利用分离得到的内生真菌通过发酵技术生产相应的活性物质，为发掘内生真菌在诺丽中的药效作用奠定基础，亦为抗癌、抗炎药物的研发提供新思路。