本发明提供一种基于caspase3活性的造礁石珊瑚健康评估方法，包括确定生物指标步骤、选定标准参照点步骤和建立评估标准步骤。所述的确定生物指标步骤包括选出造礁石珊瑚响应环境胁迫的关键酶caspase3，以造礁石珊瑚caspase3活性为评估珊瑚健康水平的指标；所述的选定标准参照点步骤包括通过选定理想生长状态及不同胁迫条件下的珊瑚样本作为参照点；所述的建立评估标准步骤包括根据不同参照点样本caspase3活性数据、造礁石珊瑚生长状态和恢复到理想海水环境中的存活率来建立珊瑚健康水平标准。本发明可以客观准确的评估珊瑚健康水平，操作过程简单快捷，不仅可以填补珊瑚礁资源调查技术空白，而且可以指导珊瑚人工移植母体选择，助力珊瑚礁生态系统的研究和保护。