本发明公开了一种诊断信息处理分析的方法和系统，涉及医疗的系统技术领域。该诊断信息处理分析的方法包括以下步骤：通过多个样本特征以及标签信息建立特征空间和标签空间，并建立样本的特征向量和第一标签向量；计算每个标签信息的出现次数；计算每两个标签信息同时出现在一个样本中的次数；计算每两个标签信息的相似度，建立标签‑标签的相似度矩阵；重构第一标签向量以得到第二标签向量，根据第二标签向量计算目标样本标签信息出现概率；选取预设数量的标签信息作为所述目标样本的推荐标签信息。本发明通过利用病人所患疾病对应的特征构成特征空间、标签信息，可有效地利用疾病与其并发症的关联来发现更多潜在疾病，提高诊断决策支持的精度。