本发明公开了一种生物控制剂在脱除柑橘幼树黄龙病病原中的应用。所述生物控制剂包括芽孢杆菌GJ1，所述芽孢杆菌GJ1于2017年7月28日保藏于中国典型培养物保藏中心，保藏号为CCTCC M 2017456。该应用包括以下步骤：采用上述的芽孢杆菌GJ1菌液对黄龙病感染的苗木进行脱除处理。本发明说明芽孢杆菌GJ1菌剂对黄龙病有一定的脱毒效果，通过重复接种到第7次处理，可以达到将病原脱除的目的。