本发明属于功能食品加工技术领域，具体涉及一种美拉德改性龙眼果肉多糖及其制备方法和应用。该方法包括步骤：1)龙眼果肉多糖与氨基酸在热水中反应，得到龙眼果肉多糖与氨基酸的共价反应产物的水溶液；2)采用纳滤膜对步骤1)得到的龙眼果肉多糖与氨基酸的共价反应产物的水溶液进行浓缩，再对浓缩液进行冷冻干燥，得到美拉德改性龙眼果肉多糖。本发明基于美拉德反应对龙眼果肉多糖进行改性，同时实现多糖一级结构和高级结构的改变，该技术能有效提高龙眼果肉多糖的抗氧化和免疫调节活性，且制备工艺绿色安全。