本发明提供一种贝莱斯芽孢杆菌及其作为水产病原菌抑制剂的应用，该菌分离自健康罗非鱼的肠道，该菌株保藏编号为：GDMCC No.60344。该菌具有广谱拮抗水产常见病原菌功能，能有效抑制无乳链球菌、海豚链球菌、鰤鱼诺卡氏菌、嗜水气单胞菌、舒氏气单胞菌和迟缓爱德华氏菌等病原菌的生长，而且使用安全无残留，有助于减少化学药物在水产养殖中的使用量和残留量，降低生产成本，实用性强等优点。