本发明涉及一种具有免疫抑制活性的吡喃类化合物及其制备方法和应用。本发明首先将红树林植物红海榄内生真菌的发酵产物进行乙酸乙酯浸泡，然后以石油醚：丙酮为洗脱剂进行硅胶梯度洗脱，再经高效液相色谱洗脱纯化，得到化合物pestalotiopyrone M，该化合物与临床上用于治疗自身免疫性疾病和移植排斥反应的免疫抑制药物环孢菌素A相比具有显著的钙调蛋白磷酸酶抑制活性，且对脾细胞的毒性很弱，是一种高效、低毒的免疫抑制化合物，可用于制备针对器官移植和自身免疫性疾病的第二代免疫抑制药物。