本发明提供了一种石斑鱼重组神经肽Y的融合表达载体、制备方法以及其本身。包括构建表达斜带石斑鱼ecNPY的基于pET‑SUMO的融合表达载体，并优化出实现高效的可溶性表达的最佳条件，且优化出融合蛋白酶切释放出目的肽的最佳条件，从而获得高纯度的无任何额外氨基酸的重组石斑鱼NPY(r‑ecNPY)。并证明r‑ecNPY具有较强的生物学活性，同时证明序列来源于石斑鱼的r‑ecNPY能够在鲤鱼中发挥生物学效应，显示了广泛的应用价值。