本发明属于微生物的存在或种类的测定技术领域，公开了一种诺丽自然发酵过程中关键微生物甄别及筛选的方法，以诺丽发酵过程的发酵汁中微生物为对象，提取发酵汁中细菌的宏基因组并纯化；扩增可变区序列后，应用高通量测序完成细菌可变区序列的读取，利用生物信息学平台对序列进行质控并完成物种注释，确定诺丽自然发酵过程中起关键作用的微生物物种。本发明简便、快速、准确地定性定量甄别诺丽发酵过程中的核心微生物，检测分辨率高，能全面快速的筛选确立发酵中的优势、有“正向促进”的关键微生物菌种，为后续对诺丽“进行人工接种、有控制地自然发酵”，以缩短发酵周期，有目的的提高核心化合物的产量，确保发酵品质的稳定提供参考数据。