一种砗磲、珊瑚陆基养殖系统及其混合养殖方法，属于砗磲及珊养殖技术领域，所述系统包括养殖车间、养殖供排水系统和砗磲珊瑚混合养殖装置，其中养殖车间包括半地下的养殖池、承重墙及侧窗、透光玻璃顶棚和百叶窗；侧窗设置在承重壁上，百叶窗设置在养殖车间顶层，百叶窗可调节；本发明还提供一种利用上述系统对砗磲、珊瑚混合养殖的方法，该方法提高了养殖水体的利用率；不再受台风、高温等极端天气影响。