本发明提供一种海菖蒲高抗氧化活性提取物的制备方法，包括以下步骤：首先制备海菖蒲根茎粉末和/或叶粉末原料，加入纤维素酶液，混匀，水浴酶解，得酶解液；在酶解液中加入无水乙醇，微波提取，重复提取，合并上清液，浓缩，得浓缩液；在浓缩液中加入乙醇溶液，混匀，静置，取上清液，浓缩；冷冻干燥，获得乙醇粗提物；用蒸馏水将乙醇粗提物进行加热溶解；用等体积乙酸乙酯进行萃取，合并萃取液，浓缩，冷冻干燥；即得目标提取物。本发明从海菖蒲提取的化合物，对DPPH自由基和羟自由基具有较高的清除率，可作为天然抗氧化剂使用。