本发明涉及一种具有免疫抑制活性的PKS I型聚酮类化合物Efophylin B及其制备方法和应用。该化合物由链霉菌Streptomyces sp.DSM 4137进行SFM固体培养基发酵并对发酵产物进行分离纯化获得。实验证明该化合物具有显著的钙调蛋白磷酸酶抑制活性，其免疫抑制作用比临床广泛使用的免疫抑制剂环孢菌素A强，且对脾细胞毒性很弱，是一种高效、低毒的免疫抑制剂，可用于制备针对器官移植和自身免疫性疾病的第二代免疫抑制药物。