本发明公开了一种檀香基因组特异序列的确定方法和檀香的鉴定方法，涉及基因技术领域。所述确定方法：从基因数据库中获取檀香基因组测序数据，确定檀香候选区域序列；将檀香候选区域序列比对基因数据库中其他物种基因组序列，从檀香候选区域序列中剔除能比对上其他物种基因组序列，保留特异无法比对上其他物种基因组序列并将其作为檀香核苷酸特异序列；将檀香核苷酸特异序列映射至檀香基因组，确定檀香核苷酸特异序列在所述檀香基因组中的位置信息。鉴定方法：利用SEQ ID NO.1所示核苷酸序列鉴定檀香。本发明通过获取檀香核苷酸特异序列并利用其特异性，从基因角度鉴定檀香真伪，提高了檀香鉴定结果的准确性。