本发明属于防腐涂料制备技术领域，公开了一种船舶底层防腐涂料及其制备方法，船舶底层防腐涂料的原料及其分数为：A组：水性环氧树脂：60～65份、去离子水：80～100份；B组：环氧固化剂：30～35份、聚苯胺：1～5份、糠醛树脂：10～15份、异氰酸酯：10～15份、磷酸锌：3～5份、二丙酮醇：20～25份、石墨粉：6～10份。本发明通过添加糠醛树脂有效改进了环氧树脂的静弯曲性能，提高了其耐酸性能，通过添加异氰酸酯能够有效降低海水中潮气渗透性增强了船舶底部涂料的抗水性，提高了其抗盐雾性能，满足了船舶底层的所需，提高了涂料的使用寿命。