本发明提供一种卷积神经网络中边缘填充和滤波器膨胀运算方法及系统，包括：根据输入的数据块和滤波器数据块的控制信号，对边缘填充运算后的输入数据块和膨胀运算后的滤波器数据块进行填零判定，获得数据控制信号；根据数据控制信号，对第一输入数据向量和第一滤波器数据向量进行填零运算，获得第二输入数据向量和第二滤波器数据向量；对第二输入数据向量和第二滤波器数据向量进行卷积神经网络的逻辑运算。本发明提供的方法，依据程序中提供的对滤波器数据块和输出数据块的索引向量来判断当前运算是否处在输入填零或者滤波器填零的位置，用硬件结构实现原来需要软件编程实现的判断跳转功能，实现对输入边缘填充运算、滤波器膨胀运算的加速。