本发明属于生物信息学分析技术领域，公开了一种单细胞测序的数据分类方法；包括有第一条序列(Read1.fastq)的信息识别模块；第二条序列(Read2.fastq)的信息识别模块；条形码列表信息加载(barcodeList)模块；引物信息加载(primerList)模块。本发明主要对单细胞测序技术SPLiT‑seq的数据进行分类，在分类过程中充分考虑条码barcode的信息，这是第一个对单细胞SPLiT‑seq技术的数据分类的方法。在barcode和特征序列中加入了容错比对机制，并使用碱基转换函数，将字符转换成数字进行运算，使单细胞测序数据的分类更加快速和高效。