本发明公开了一种畜禽养殖废水产微生物菌体蛋白的方法。畜禽养殖废水首先进入发酵产酸反应器，将废水中有机物转化为挥发性脂肪酸(VFAs)，而后进入浅池厌氧红外光照反应器，紫色光合细菌利用红外光为能源，以废水中的有机物、氮和磷为营养物进行快速合成生物体，此反应器排出的紫色光合细菌混合液部分回流至反应器前端，剩余排放用作微生物菌体蛋白饲料；在浅池厌氧红外光照反应器顶部设置太阳能板进行发电，为该反应器红外灯提供电能。从而实现以太阳能为能源，使得畜禽养殖废水高效产生微生物菌体蛋白饲料，在控制畜禽养殖废水污染环境的同时实现资源化，推动畜禽养殖业可持续发展。