本发明公开了一种基于功能性状筛选热带珊瑚岛植被恢复物种的方法，包括以下步骤：选取目标物种，检测目标物种的抗逆生物学功能性状的数据；选取备选物种，检测备选物种的抗逆生物学功能性状的数据；构建基于植物生物学功能性状的植被恢复物种筛选模型；将目标物种的抗逆生物学功能性状的数据及备选物种的抗逆生物学功能性状的数据导入植被恢复物种筛选模型；将备选物种的抗逆生物学功能性状的数据与目标物种的抗逆生物学功能性状的数据进行相似度匹配，筛选出潜在的植被恢复物种。通过该方法可快速的筛选出合适的用于植被恢复的植被物种。