本发明涉及一种双重水流模式的水族箱系统及其使用方法，所述系统包括主体养殖箱和水体处理箱，主体养殖箱与水体处理箱上下平行放置，主体养殖箱与水体处理箱均为上端敞开式；主体养殖箱的上部有进水管，底部有吸水装置，一侧设有倒U形引流装置和L形引流装置；水体处理箱由中央隔板分隔成第一过滤区和第二过滤区，且第一过滤区与第二过滤区底部相互连通，第一过滤区的上方水平放置有滴流管，滴流管上具有滴流孔；所述系统能够解决室外繁育及养殖系统环境因子不可控的技术问题，提供静水性水体流动模式和湍流性水体流动模式自由切换，满足水族生物繁殖或生长对水体环境的需要。