本发明公开了一种在植物细胞中生产中链脂肪酸的方法，采用Cre/LoxP系统成功构建FatB3‑LPAAT、FatB3‑KASI及FatB3‑LPAAT‑KASI三种多基因系统并转入拟南芥中进行种子特异性共表达，包括：多基因共表达载体构建、农杆菌感受态的制备、多基因共表达载体转化农杆菌感受态、农杆菌蘸花法浸染拟南芥、转基因拟南芥验证、拟南芥种子荧光定量PCR及拟南芥种子脂肪酸提取并进行GC测定的过程。本发明采用Cre/LoxP系统成功构建FatB3‑LPAAT、FatB3‑KASI及FatB3‑LPAAT‑KASI三种多基因系统，并转入拟南芥中进行种子特异性共表达，分析了三个基因组合共表达趋势，有效提高了植物细胞中合成中链脂肪酸的含量。