本发明涉及一种混合信号中有效信号的恢复方法和系统，其方法包括获取混合信号、参考信号和相角，混合信号包括待恢复的有效信号和噪声信号；相角的数量为多个；初始化萤火虫算法各参数；根据各参数、相角、参考信号的幅度以及参考信号的频率生成各萤火虫信号；计算每个萤火虫信号与混合信号的均方差误差；根据均方差误差确定每个萤火虫信号亮度；找出每个萤火虫信号邻域内亮度最大的萤火虫信号；根据亮度最大的萤火虫信号对每个萤火虫信号进行相角更新和邻域更新，直至更新次数大于预设的迭代次数；获取最终亮度最大的萤火虫信号；将最终亮度最大的萤火虫信号与混合信号相减，得到有效信号。该方法能实现最优滤波。