本发明公开一种基于筛选标记基因的真菌遗传转化方法，其包括对受体真菌HOG1?MAPK信号途径关键基因的克隆，受体真菌HOG1?MAPK信号途径关键基因敲除载体的构建，受体真菌HOG1?MAPK信号途径关键基因敲除突变体的获得，受体真菌HOG1?MAPK信号途径关键基因敲除突变体耐渗透性和耐盐性测定，受体真菌HOG1?MAPK信号途径关键基因作为筛选标记，转化验证。通过本发明的方法丰富了真菌遗传转化筛选标记的来源，当受体菌无多个筛选标记时，可满足研究者开展双基因或多基因功能研究的需要。