本发明属海洋植物栽培领域，涉及一种基于琼枝麒麟菜的细胞杂交栽培方法，是以野生型和人工养殖琼枝麒麟菜为材料，用果胶酶和鲍鱼消化道粗提酶混合液酶解获得原生质体，经诱导原生质体融合获得杂合细胞，最后通过植物激素诱导培养杂合细胞获得的新植株。本发明工艺简单，可操作性强，利用野生和人工养殖的两类琼枝麒麟菜的原生质体进行融合，获得杂合细胞，再诱导分化出完整植株的细胞杂交技术，获得的新植株具有养殖周期短和抗逆性强的特点，可为琼枝麒麟菜的产业化发展提供技术支持，可有效提高琼枝麒麟菜养殖的经济和生态价值，具有现实意义。