本发明公开了一种自适应短波跳频通信系统信道估计方法，通过建立信号数学模型，得到基带信号，对接收到的信号进行鉴频，由于采用升余弦脉冲进行CPM信号的相位滤波，对信号进行傅立叶变化后，频谱的峰值出现的fs，fs=1/T处，取信号和噪声的能量谱比值作为信噪比的度量，判断信道好坏。算法利用信号和噪声进行傅立叶变换后谱线的特征作为依据，建立起谱线和信噪比之间的对应关系，利用这种对应关系进行信道质量估计，算法所需数据量少，存储量小，计算速度快，能满足实时通信的要求。