本发明涉及一种细菌纤维素硫酸酯的制备方法。对生物合成的细菌纤维素进行脱杂质处理，得纯净细菌纤维素，再在有机溶剂以及DMAc/LiCl中，在室温或加热条件下(室温-90℃)，以SO3、ClSO3H以及SO3复合物(0.5~12mol/mol葡萄糖残基)对细菌纤维素进行硫酸酯化改性，反应0.5-10小时后，进一步分离纯化、干燥，得细菌纤维素硫酸酯。与普通植物纤维素相比，细菌纤维素具有更高的聚合度和纯度，所得细菌纤维素硫酯酯分子量大、粘度高，是制备药物载体、血液相容性材料等生物材料的理想原料。