本发明涉及一种基于DFT可抗几何攻击的医学图像多重水印方法，是先进行多水印的嵌入，包括：(1)对原始医学图像进行全图DFT变换，在变换系数中提取该图的一个重要视觉特征的向量；(2)利用该特征向量和要嵌入的多个水印通过Hash函数得到对应的二值逻辑序列，并将其存于第三方；然后进行多水印提取，包括：(3)对待测医学图像进行全图DFT变换，找到待测图像的一个视觉特征向量；(4)利用Hash函数性质和存于第三方的二值逻辑序列来提取水印。本发明将医学图像的视觉特征向量、加密技术和第三方的概念有机结合起来，解决了多重水印嵌入的问题，有较强的抗几何攻击能力和抗常规攻击能力，以保护医学图像的版权和病患信息的隐秘性。