本发明公开了一种虾青素生物饲料的制备方法，是将木薯渣溶解配成木薯渣液，高温灭菌后添加纤维素酶、淀粉酶进行酶解作用，然后在木薯渣液中添加硫酸铵、磷酸二氢钾、酵母膏、西红柿汁；经高温灭菌后接种发夫酵母菌(Phaffiarhodozyma)三级种子液进行发酵，生物合成虾青素得到虾青素发酵液，再用超声波将发夫酵母菌细胞细胞破碎，45~60℃烘干，抽真空密封，低温保存，即得虾青素生物饲料。本发明工艺简单，所得生物饲料中的虾青素、蛋白质含量高，且易被动物消化吸收，无醇类物质，适口性好，无有毒物质，可提高水产品畜禽的免疫力和肉的着色力，是一种具保健功能的优质饲料。