本发明公开了一种甘油磷酸脂酰转移酶(LPAAT)基因启动子区序列及其在作物遗传改良中的应用。本发明甘油磷酸脂酰转移酶基因启动子序列如SEQID?NO：1所示，该甘油磷酸脂酰转移酶基因启动子在作物遗传改良中的应用方法为如下步骤：(1)将甘油磷酸脂酰转移酶基因启动子插入启动子验证表达载体pBI101.3，启动gus报告基因的表达；(2)将上述表达载体用于根癌农杆菌介导的植物愈伤组织转基因研究，通过植物愈伤组织诱导、浸染、共培养、筛选、生根获得转基因植株。本发明基因启动子来源于椰子，能够特异的启动目的基因在胚乳组织细胞中的表达，为今后作物遗传改良中提供了新的启动子类型，具有很高的稳定性和可操作性，不会导致转基因沉默现象。