本发明公开了一种鉴定延胡索的SNP标记、等位基因特异性PCR法及应用，涉及生物技术领域，基于没有对延胡索的特异性鉴别的方法而提出的。本发明包括用于鉴定延胡索的SNP分子标记、SNP分子标记的应用、基于等位基因PCR检测延胡索的特异性引物对Y1、基于等位基因特异性PCR检测延胡索的方法，本发明的有益效果在于：对延胡索及其加工制品真伪的准确鉴定，具有准确性高、稳定性好、特异性强、无需测序以及不受药用部位影响的优点。