本发明涉及医药包装设备技术领域，尤其是涉及一种倒瓶剔除机构及药瓶整理设备。倒瓶剔除机构，包括机架和传送机构，机架用于安装在进瓶传送带的后方，进瓶传送带上设置有用于供药瓶通过的通道，通道的宽度与药瓶的外径相适应；传送机构与机架连接，传送机构包括传送带单元，传送带单元的数量与通道的数量相等且一一对应设置，传送带单元的传送方向与进瓶传送带的传送方向相同，传送带单元的上表面的宽度小于通道的宽度，且传送带单元的中线与其所对应的通道的中线重合。本发明提供的倒瓶剔除机构，能够实现倒瓶剔除自动化，提高了生产效率。