本发明涉及一种基于支付数据的健康保险精算系统与方法，属于健康保险精算技术领域。本发明的系统包括处理模块、获取模块、提取模块、计算模块。本发明的方法为按照预设的周期，周期性地从支付信息系统中获取用户的支付数据；根据第i个周期的支付数据提取用户对应的第i个周期的医疗支付数据；根据用户第i个周期的医疗支付数据，计算用户第i个周期的疾病发生率；根据用户第i个周期的疾病发生率及给定的健康保险精算算法计算出用户第i个周期的健康保险保费。本发明基于数据支付的健康保险精算系统与方法，结合用户支付数据周期性地了解用户在医疗机构的花费，并根据所述花费计算用户的周期疾病发生率，能降低健康保险的风险，可提高保险公司的盈利能力。