本发明公开了一种隔离器双层带灭菌门机构，其包括门外框、内玻璃、外玻璃、铰链、门开关、玻璃连接器以及双层玻璃手套窗，其中所述内玻璃和外玻璃通过玻璃连接器连接固定形成双层玻璃门，所述内玻璃和外玻璃之间具有中间隔腔，所述内玻璃和外玻璃的中心位置安装有所述双层玻璃手套窗，所述外玻璃通过铰链与所述门外框连接，所述双层玻璃门通过所述铰链能相对于所述门外框打开或者闭合，所述门开关安装所述外玻璃上。本发明的隔离器双层带灭菌门机构密封性更好，同时在线灭菌更彻底、安全性更好。