本发明公开了一种用抗体针对无识别标记蛋白或细胞裂解物的DNA编码化合物筛选方法，包括如下步骤：(1)将抗体包被到免疫磁珠蛋白G上；(2)将含有靶点蛋白的溶液加入已结合抗体的磁珠上，洗去没有与抗体结合的物质；(3)加入DNA编码化合物库进行筛选；(4)将没有结合的化合物清洗去除；(5)用加热的方法将有结合的化合物提取出；(6)用二代测序来解码化合物结构，并进行合成和后续功能验证。本发明避免了提纯蛋白的繁琐流程，同时解决了纯化的蛋白不含翻译后修饰的问题，能有效提高筛选效率，降低筛选成本。