本发明提供了一种菠萝蛋白酶的提取方法，操作步骤为：1)预处理；2)酶解；3)等电点沉淀；4)超滤；5)干燥保存。有益效果为：将菠萝或菠萝茎先进行预冷处理，能减少菠萝蛋白酶酶活力损失；采用的稳定剂能增强酶分子构象的稳定性，提高酶的贮藏稳定性；具有较好的抗氧化性，清除自由基，保护巯基；对重金属具有络合作用，防止重金属抑制菠萝蛋白酶的活性；最后得到的菠萝蛋白酶的酶活力、细菌含量、重金属含量、外观等指标达到或超过医药级标准；操作步骤简单，成本低廉，适合大规模生产。