本发明公开了一种防止污染的医药生产用灭菌除尘室，包括底板和转动杆，底板的顶部通过支撑架固定连接有支撑板，且支撑板的顶部固定连接有箱体，支撑板的顶部且位于箱体的一侧固定连接有固定框，支撑板的顶部且位于固定框的一侧固定连接有吸尘器，吸尘器的进风口连通有进风管，且进风管的一端与固定框的一侧固定连接，固定框内壁的背面固定连接有第一电机，且第一电机输出轴的一端固定连接有第一锥齿轮，本发明涉及医药生产技术领域。该防止污染的医药生产用灭菌除尘室，可实现对灭菌除尘室的空气进行交换流通并且在流通的过程中防止药材造成二次污染从而降低药材的品质，为后续的药材处理工作创造了良好条件。