本发明提供了一种海洋深层水与褐藻糖胶复配液的制备方法及应用，该复配液是由硬度为1000ppm的海洋深层水以及分子量为270KD的来源于褐藻海蒿子的褐藻糖胶复配而成。实验表明，与复配的单一组分相比，本发明能够更显著地抑制高浓度葡萄糖诱导所引起的的肝糖输出量增多及脂质积聚，并能更大程度地激活PI3K/Akt和AMPK信号通路，改善胰岛素抵抗，从而对代谢性疾病具有更显著的干预作用。本发明将会为海洋深层水‑褐藻糖胶复配液防治代谢性疾病的保健品及药物研发提供理论支持，并为海洋深层水及褐藻等海洋资源的高值化利用提供借鉴意义和启示。