本发明公开了一种白芨寡糖及其组合物在改善肠道微生态中的应用。本发明的白芨寡糖聚合度为2‑20，分子量范围为200‑5000Da。本发明的白芨寡糖可降低急性结肠炎的免疫反应，抑制结肠炎的典型症状，改善肠道的微环境，优化肠道菌群组成，增强肠道屏障功能。本发明的白芨寡糖及其组合物可用于改善多种原因导致的肠道微生态紊乱的疾病防治。