本发明提供一种制备高纯度半乳寡糖组合物的方法，系利用乳酸克鲁维酵母菌ATCC 8585对一低纯度半乳寡糖混合物进行发酵反应该高纯度半乳寡糖组合物包含至少99%选自於由半乳三糖、半乳四糖、五糖以上之半乳寡糖、及其任意组合所组成的群组，及低於1%之单糖及双糖本发明亦提供一种高纯度半乳寡糖组合物，及其用於制备可调节血糖或改善肠道菌相之组合物之用途例如，本发明高纯度半乳寡糖组合物可用於制备适合糖尿病或乳糖不耐症病人或宠物使用之食品、饮品、保健食品、营养补充品、及医药组合物