本发明属于中医知识处理技术领域，公开了一种建立中医药知识图谱的方法，所述建立中医药知识图谱的系统包括：数据采集模块、数据挖掘模块、数据处理模块、知识图谱输出模块、检索模块。本发明通过数据挖掘模块将处理所得到的数据采用结构网络的方式输出，更易于可视化操作，可以准确地表达出中医药处方和药剂之间的特殊关联，从而解决了现有技术无法对其进行准确分析的难题。通过改进现有的Gibbs采样方法，令推导过程得以简化，求解效果良好，并减少了数据处理的时间；同时，通过检索模块对用户提供的一组关键词进行分析和处理，推测用户的检索意图，并依据推测结果恰当地组织检索结果，更好地满足用户的检索期望，提高检索结果的准确度。