本发明提供了一种防治慢性胃肠炎的瑶药组合物，属于民族医药技术领域，包括以下重量份数的组分：香菇1～20份、香茅1.5～25份、吴茱萸1.5～30份和生姜0.5～10份。采用本发明提供的瑶药组合物对慢性胃肠炎的有效率在75～85％，能够高效防治慢性胃肠炎，无不良反应发生。